Baby Boss 2, diretto da Tom McGrath, racconta la storia di una famiglia, formata dal padre Tim, la madre Carol e due figlie, il genio Tabitha e la piccola Tina, l'ultima arrivata. vivono in periferia e sembrano una comune famiglia, ma in verità Tabhita frequenta il Centro Acorn per Bambini Dotati ed è la migliore del corso. La bambina segue da tutta la vita un modello, suo zio Ted, un uomo sagace e molto intelligente. Suo padre, però, è preoccupato per lei e crede che Tabitha non stia vivendo a pieno la sua infanzia, perché troppo impegnata a comportarsi come una bambina geniale.
Ma accade qualcosa di inaspettato in famiglia: la piccola Tina rivela di essere un'agente segreto del BabyCorp in incognito. È stata inviata in missione per scoprire se la scuola di Tabitha e soprattutto il suo fondatore, il Dr. Edwin Armstrong, nascondano qualche oscuro segreto. La famiglia dei Templeton si ritrova ancora una volta riunita e pronta a scoprire quali sono le priorità all'interno di un nucleo familiare.