Nel XXVI secolo, infuria un'aspra guerra tra le forze terrene del Comando spaziale delle Nazioni Unite e un'alleanza religiosa di diverse razze aliene. Le persone stanno lottando per sopravvivere, ma continuano a perdere terreno su tutti i fronti. L'ultima speranza è il progetto SPARTAN-II, un programma per creare persone potenziate che dovrebbero diventare l'arma più efficace nella lotta contro gli alieni. Gli avversari trovano e distruggono il pianeta insieme agli Spartani. Solo una nave riesce a scappare: il "Pilastro dell'autunno", su cui si trova l'ultimo spartano John-117 sopravvissuto. È lui che cambierà il corso della guerra quando si troverà su un misterioso manufatto alieno di Halo: il mondo dell'anello.